Wesentliche Einschränkungen in der zügigen Geschäftsentwicklung brachte dann der zweite Weltkrieg ab 1939. Das schlimme Ereignis für die Familie Trautner war zweifellos der Kriegstod der Söhne Franz und Lorenz. Glücklicherweise konnte sich der älteste Sohn Hans, der seit 1933 als Bauingenieur im elterlichen Betrieb tätig war und 1939 die Baumeisterprüfung ablegte, nach Heimkehr aus der Kriegsgefangenschaft im Oktober 1945 zusammen mit seinem Vater dem Wiederaufbau des schwer kriegsgeschädigten Betriebs widmen.